Le petit Sôsuke, cinq ans, habite une maison construite au sommet d’une falaise qui surplombe la mer. Un matin, alors qu’il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson piégée dans un pot en verre, qu’il baptise Ponyo. Sôsuke la sauve et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sôsuke que ce dernier l’est par elle.

Le petit garçon lui promet de la protéger et de s’occuper d’elle, mais le père de Ponyo, Fujimoto — un sorcier autrefois humain qui vit au fond de la mer — la force à revenir avec lui dans les profondeurs. Bien décidée à devenir humaine, Ponyo s’échappe pour retrouver Sôsuke, et provoque inconsciemment, une gigantesque explosion des forces naturelles. Elle aide Sôsuke avec ses pouvoirs magiques et finalement, accepte d’y renoncer, pour grandir et vivre avec lui.

Réalisation : Hayao Miyazaki
Scénario : Hayao Miyazaki

Le travail sur le film démarre en 2006. Son style s’inspire beaucoup des aquarelles, une première pour un film de Miyazaki. C’est le deuxième film du studio Ghibli à utiliser des aquarelles après Mes voisins les Yamada. Miyazaki a préféré dessiner la mer et les vagues lui-même et a apprécié d’expérimenter la façon d’exprimer cette partie importante du film. Ce niveau de détail est le résultat de 170 000 images différentes, un record pour un film de Miyazaki.

Le village côtier où l’histoire prend place est inspiré de Tomonoura, un port de la ville de Fukuyama (préfecture de Hiroshima), situé dans le Parc national de Setonaikai au Japon, où Miyazaki a séjourné en 2005.

Le personnage de Sôsuke est fondé sur le fils de Miyazaki, Gorō, lorsqu’il avait lui-même cinq ans. Le nom de Sôsuke vient du héros de La porte, une nouvelle de Sōseki Natsume. La vieille femme amère de la maison de retraite, Toki, est inspirée de la mère d’Hayao Miyazaki qui avoue avoir pensé à ce qu’il lui dirait quand il la rejoindra. Le nom du bateau sur lequel le père de Sôsuke travaille est Koganeimaru, une référence à l’emplacement des studios Ghibli à Koganei, Tokyo.